Stemmingsstabilisatoren hebben net als alle medicijnen bijwerkingen. De meeste verdwijnen na verloop van tijd (dagen/weken). Bijwerkingen verschillen van persoon tot persoon. De meeste bijwerkingen krijg je als je begint met het gebruiken van een stemmingsstabilisator en meteen nadat de dosering omhoog gegaan is.
Voorbeelden van bijwerkingen die bij veel stemmingsstabilisatoren kunnen voorkomen: misselijkheid en andere maag- en darmklachten, gewichtstoename, trillende handen, dubbelzien, slaperigheid, vermoeidheid, haaruitval en huidproblemen.
Het kan ook zijn dat je een droge mond krijgt. Dit is meestal onschuldig maar kan wel vervelend zijn. Het leidt soms tot gaatjes in je gebit omdat de kwaliteit van je speeksel kan veranderen. Het is daarom belangrijk om regelmatig controles te doen bij de tandarts en mondhygiënist.